Velik del prihodkov podjetja Luka Koper predstavlja tudi pretovor avtomobilov. V pristanišče prihajajo vozila različnih avtomobilskih znamk, kot so Hyundai Tucson, Kia Sportage, Peugeot, Renault in Mercedes razredov C, B in A, predvsem iz držav srednje Evrope, kot so Slovaška, Češka in Madžarska.
Tam imajo številni proizvajalci avtomobilske industrije svoje proizvodne obrate zaradi carinskih predpisov in cenejše delovne sile. Med pomembnejšimi partnerji, s katerimi posluje Luka Koper, je tudi Mercedes-Benz. To podjetje izvaža svoje avtomobile na Kitajsko, v Južno Korejo in na Japonsko, pretežno iz pristanišča v Kopru. Avtomobili v pristanišče večinoma prispejo z železniškim transportom ali s tovornjaki po cesti. S tovornjaki se opravi predvsem prevoz najprestižnejših modelov, in sicer zaradi zmanjšanja morebitnih poškodb med transportom. Po prihodu jih razložijo z vagonov in jih namestijo na skladiščne površine, kjer čakajo na prihod ladje. Ko v pristanišče pripluje ustrezna ladja, se vozila naložijo in odpotujejo proti končnim trgom. Pomorske povezave omogočajo izvoz vozil v številne države po svetu. Pomembne destinacije so države Bližnjega vzhoda, kot so Izrael, Egipt in Irak, ter države Sredozemlja, kot sta Grčija in Turčija. Vse večji pomen imajo tudi trgi Daljnega vzhoda. Učinkovita organizacija pretovora in sodobna logistična infrastruktura omogočata hitro in varno ravnanje z velikim številom vozil ter prispevata k temu, da Luka Koper ustvarja uspešno poslovno zgodbo že zadnjih deset let. V avtomobilski logistiki se je Luka Koper prebila med pet največjih pristanišč po pretovoru avtomobilov v Evropi. Poleg pretovorjene količine pa je za avtomobilske proizvajalce zelo pomembno, da se transport opravi kakovostno, z najmanj možnimi poškodbami na vozilih.
To zagotavlja Luka Koper s številnimi internimi predpisi, ki zaposlenim nalagajo, kako se morajo obnašati pri ravnanju z vozili, ki jih premikajo po pristanišču v času izvajanja pretovorov. Začetek pretovora avtomobilov sega v leto 2007, ko so za poljski trg pretovarjali vozila znamke Daewoo.